На просторах интернета нашел очень понравившуюся мне книгу посвященную работе с GNU Make – Managing Projects with GNU Make, 3.Xth Edition, которая еще и распространяется под GNU Free Documentation License. В книге подробно рассматривают работу с GNU Make начиная с азов и простейшего Makefile заканчивая вопросами производительности, отладкой Makefile и различными трюками.
Однозначно стоит прочесть!