Почему-то, скорее всего из-за не внимательного изучения документации Apple, я был уверен что без каких-то особых приседаний не возможно сохранить NSColor в NSUserDefaultsController. Ну да, у NSUserDefaultsController есть поддержка только ограниченного количества количества типов, и на просторах интернета можно найти кучу решений по сохранению неподдерживаемых типов, таких как NSColor. Например сохранить в виде NSInteger или, еще более интересный вариант – в виде строки. В то же время, есть такой замечательный трансформер (как эту штуку правильно назвать по-русски?), NSUnarchiveFromData, который позволяет преобразовать любой тип, поддерживающий протокол NSCoding, в тип NSData, который в свою очередь может быть сохранен по средствам NSUserDefaultsController.
Например, для того чтобы привязать объект NSColorWell к NSUserDefaultsController

Даже код писать не надо: